مولر در سال ۲۰۰۸ برای اولین بار به تیم اصلی بایرن مونیخ معرفی شد و خیلی زود جایگاه ثابتی به دست آورد. در ادامه مطلب با وب سایت مجله خبری یازده اسپرت همراه باشید.
فصل ۲۰۱۰ نقطه عطفی برای او بود که با گلها و پاسهای کلیدی، نقشی مهم در موفقیت بایرن ایفا کرد. توانایی بازی در چند پست، او را به مهرهای غیرقابلجایگزین تبدیل کرد. مولر در بایرن مونیخ موفق شد چندین بار قهرمان بوندسلیگا و لیگ قهرمانان اروپا شود.
او همواره به عنوان نماد وفاداری شناخته شده زیرا در طول دوران حرفهایاش فقط برای بایرن بازی کرده است. عملکرد درخشانش در ترکیب تیم، او را به یکی از محبوبترین چهرههای فوتبال آلمان بدل ساخت.